保健所は、県民の健康の保持及び増進を図るとともに生活環境を守るため、各種法律に基づいて、非常に幅広い業務を行っています。このため、保健所には多くの職種の職員がいますが、この中には公衆衛生業務に従事する公衆衛生獣医師として、獣医師も数多く勤務しています。本県には、9カ所の保健所（宮崎市含む）がありますが、ここに勤務する獣医師が行っている主な業務は次のとおりです。
まず、食品による健康被害を防止するため、食品衛生監視員として、食品関係営業施設の営業許可やこれらの施設の監視指導行うとともに必要に応じ食品の衛生検査も実施し、また、広く県民に対し食品衛生思想の普及啓発にも努めています。
次に、動物愛護・管理業務については、従来から取り組んでいました狂犬病予防対策としての狂犬病予防注射や捕獲・抑留・処分等の業務に加え、近年では、人と犬が共生できる社会づくりを目指して、動物愛護思想の普及啓発や適正な犬・ネコの飼育についての啓発に、重点的に取り組んでいます。
この他、生活環境衛生対策として、旅館、公衆浴場（温泉等）、理・美容所等身近な営業関係施設の衛生確保を図るため監視指導を行い、健康被害の発生防止に努めています。また、世界的に大きな課題となっている地球環境問題につきましても、身近な県内の空気や水の環境を守るため、定期的なモニタリング検査や適正な廃棄物の処理等の業務にも取り組んでいます。